Der Name Gammelbygaard wurde vermutlich von "Gammelbygaarden" oder "Gammelgygarde" abgeleitet. Seit 1418 erwähnt, war Gammelbygaard Teil des Domkapitels Schleswig. So auch Sommerresidenz der Bischöfe. In einer Pfändungsurkunde vom 20.6.1435 wird der Name "Gammelbygaard" erwähnt. Es verpfändete der Knappe Andreas Iversen (Iwerson) auf Satrupholm u.a. auch Gammelbygaard an Bischof Nicolaus in Schleswig.
Über die einstige Bedeutung dieses schönen, unmittelbar am westlichen Nordufer des Südensees gelegenen Hofes kann man näheres in der Chronik der Kirchenspiele Quern und Neukirchen von 1961 lesen.
Seit 1541 befindet sich der Hof im Familienbesitz der Thomsens und Henningsens. Der jüngste Ahnerbe der Familie Henningsen im Mannesstamm, Peter Henningsen, ist aus dem Krieg nicht heimkekehrt.
Von 1635 bis 1746 haben Peter Thomsen I, sein gleichnamiger Sohn und der Enkel Peter Thomsen III von Gammelbygaard aus das Amt eines Kapitelvogts für das Schleswiger Domkapitel wahrgenommen. Die Vogtei Gammelbygaard hatte vorher ihren Sitz in Winderatt.
Johannes Henningsen I übernahm 1877 die Bewirtschaftung des Hofes für seine seit 1876 verwittwete Mutter und war seit 1880 Besitzer. Er übergab Gammelbygaard, zu dessen Grundbesitz eine größere Fläche im Südensee gehört, im Jahre 1919 seinem Sohn Johannes Henningsen II und zog sich auf seinen neuerbauten Alterssitz "Klüft" zurück.
Weil sein einziger Sohn ein Opfer des 2. Weltkrieges wurde, verpachtete Johannes Henningsen II 1951 den Besitz an seinen Schwiegersohn, den Landwirt und Kaufmann aus Berlin Hans Felix. 1965 erfolgte die Hofübergabe und 1969 die Namensänderung auf Felix-Henningsen.